歴代天皇について「男系継承が古来例外なく維持されてきた」という男系論者の主張は、古代史を紐解けばたちまち疑問符がつく。天皇家の祖先神は女神アマテラスであり、その子孫である天皇は女系で始まったのでは？　皇祖神が女性ならば、そもそも皇室が女系天皇を排除することはないのでは？　古代における皇室は男系・女系が入りまじって受け継がれる双系からはじまったと思われるのに、その後、なぜ「男系」天皇ばかりになったのか？　……等々、疑問は尽きない。
数々の謎を解くのに本書が注目するのは、古代の女帝・持統天皇である。天皇を権威づけるための天孫降臨神話、血脈で継承されるシステムを創出し、伊勢神宮の遷宮制によって更新の思想も埋め込んだ。しかし血脈で継承する天皇制は、持統後の朝廷で藤原氏の思惑により男系継承にすり替わる。神話や宮都、建築物などの考察を手掛かりに、古代史の謎を分かりやすく解きほぐし、「女性天皇」の本質を問いなおす。